Trong một lá thư gửi cho tờ Wall Street Journal, người phát ngôn Yasuhiro Minagawa của Nintendonhấn mạnh rằng hãng không có lời than phiền nào liên quan đến game Flappy Bird. Ông nói: "Mặc dù chúng tôi thường không bình luận gì về tin đồn và những nghi vấn, nhưng chúng tôi đã bác bỏ nghi ngờ này." Trước đây có những thông tin không xác thực nói rằng Nintendo đang muốn kiện Flappy Bird vì sử dụng những hình ảnh tương tự như trò chơi nổi tiếng Super Mario Bros, và đó cũng là một trong những lý do khiến tác giả Nguyễn Hà Đông quyết định gỡ bỏ Flappy Bird ra khỏi các kho ứng dụng App Store cũng như Google Play. Trong những dòng tweet, Đông chia sẻ rằng trò chơi này bị gỡ đơn giản là do nó "làm hỏng cuộc đời đơn giản" của anh và những áp lực từ báo chí, không phải vì vấn đề pháp lý hay bản quyền. Anh cũng khẳng định không bán game của mình cho bất kì công ty nào.
